GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| TARDR631 | PCR TEMELLİ GENETİK ANALİZ YÖNTEMLERİ | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Dersin Amacı
Bu dersin kapsamında PCR tekniğinin temelleri, basit PCR reaksiyonlarının tasarımı, indirekt mutasyon analiz tekniklerinden SSCP, HA, DGGE, DHPLC; direkt mutasyon analiz teknikleri olarak RFLP, Primer Uzama Reaksiyonu, DNA Dizi Analizi; filogenetik ve kimliklendirme çalışmaları için fragment analizleri ile gen kopya sayısının ve gen ifadesinin saptanması amacıyla kullanılan eş zamanlı (Real-Time) PCR tekniklerinin temelleri ve tasarımı anlatılacaktır. Öğrenci bu dersten genom veritabanlarını kullanarak ilgilendiği genlerin lokalizasyon ve yapısını ortaya çıkarmayı, PCR ve/veya Eş zamanlı PCR için primer tasarımı yapabilmeyi, mendi araştırmaları için genetik analiz deneyleri gerektiğinde bu deneyleri tasarımına nereden başlaması gerektiğini öğrenmiş olacaktır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Prof. Dr. Khalid Mahmood KHAWAR
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Basit PCR reaksiyonlarını tasarlayabilme. |
| 2 | Genom veri tabanlarını kullanabilme. |
| 3 | Genetik analiz deneylerini tasarlayabilme. |
| 4 | Mutasyon analiz tekniklerini kavrayabilme. |
| 5 | PCR temelli deney tasarlayabilme. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
yok
Dersin İçeriği
PCR tekniğinin temelleri, basit PCR reaksiyonlarının tasarımı, indirekt mutasyon analiz tekniklerinden SSCP, HA, DGGE, DHPLC; direkt mutasyon analiz teknikleri olarak RFLP, Primer Uzama Reaksiyonu, DNA Dizi Analizi; filogenetik ve kimliklendirme çalışmaları için fragment analizleri ile gen kopya sayısının ve gen ifadesinin saptanması amacıyla kullanılan eş zamanlı (Real-Time) PCR tekniklerinin temelleri ve tasarımını kapsamaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Genetik analiz deneylerinin tasarımı | ||
| 2 | Bir genin ekzon intron yapısının biyoinformatik araçlarla ortaya çıkarılması | ||
| 3 | Primer Tasarımı | ||
| 4 | Pimer Tasarımı | ||
| 5 | Primer Tasarımı | ||
| 6 | Primer Tasarımı | ||
| 7 | PCR Optimizasyonu | ||
| 8 | Mutasyonun tanımı ve mutasyon analiz yaklaşımları | ||
| 9 | İndirekt mutasyon analiz yaklaşımları SSCP/HA; DGGE; DHPLC | ||
| 10 | İndirekt mutasyon analiz yaklaşımları TGCE; CE SSCP/HA | ||
| 11 | Direkt mutasyon analiz yaklaşımları, DNA Dizi Analizi Biyoinformatik araçlarla dizilerin kıyas ve hizalanmaları | ||
| 12 | DNA’da tekrar eden diziler ile bunların kimliklendirme ve filogenetik analizlerdeki yerleri | ||
| 13 | Eş zamanlı PCR: gen kopya sayılarının belirlenmesi,ifade analizleri (mRNA seviyesinin belirlenmesi) | ||
| 14 | Yeni Nesil Teknolojiler |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1.Theophilus BDM, Rapley R. Methods in Molecular Biology “PCR Mutation Detection Protocols”, 2002, Humana Press 2. O’Connell J. Methods in Molecular Biology “RT-PCR Protocols”, 2002, Humana Press 3. Kwok PY. Methods in Molecular Biology “Single Nucleotide Polymorphisms Methods and Protocols”, 2003, Humana Press
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 70 |
| Ev Ödevi | 1 | 30 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 7 | 3 | 21 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 14 | 2 | 28 |
| Okuma | 10 | 3 | 30 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 125 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | |
| ÖÇ 1 | 4 | ||||||||||||||
| ÖÇ 2 | |||||||||||||||
| ÖÇ 3 | 3 | 3 | 3 | ||||||||||||
| ÖÇ 4 | |||||||||||||||
| ÖÇ 5 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek