GERİ DÖN

Ders Öğretim Planı

Dersin Kodu Dersin Adı Dersin Türü Yıl Yarıyıl AKTS
BBDR644 BİTKİSEL ÜRÜNLERDE METABOLOMİK VE GENOMİK YAKLAŞIMLAR Seçmeli Ders Grubu 1 1 5,00

Dersin Seviyesi

Doktora

Dersin Sunulduğu Dil

Dersin Amacı

Bitkisel ürünlerde kalite ve stres toleransını açıklamak amacıyla genomik, proteomik ve metabolomik yaklaşımlar hakkında temel bilgi kazandırmak; bu alanlara yönelik analiz tekniklerini, veri yorumlama süreçlerini ve biyoinformatik uygulamaları öğretmektir.

Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri

Doç. Dr. Müjgan GÜNEY

Öğrenme Çıktıları

1 Genomik, proteomik ve metabolomik kavramlarını açıklayarak bitkisel ürünlerin kalite ve stres yanıtlarıyla ilişkisini kurabilme.
2 Bitkilerde genom yapısını, gen ekspresyonu mekanizmalarını ve bunların ürün kalitesi üzerindeki etkilerini analiz edebilme.
3 DNA izolasyonu ve dizi analizi gibi moleküler biyoloji tekniklerinin temel ilkelerini kuramsal düzeyde açıklayabilme.
4 Gen–protein–metabolit etkileşimlerini omiks veriler üzerinden değerlendirerek sistem biyolojisi bakış açısı geliştirebilme.
5 Omiks verilerini ve güncel biyoinformatik yaklaşımları kullanarak bitki ıslahı ve biyoteknolojik uygulamaları yorumlayabilme.

Öğretim Sistemi

Birinci Öğretim

Dersin Ön Koşulu Olan Dersler

Yoktur

Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar

Yoktur.

Dersin İçeriği

Bitkilerde gen ekspresyonu mekanizmaları, transkripsiyon süreçlerinde görev alan proteinler, mRNA’nın modifikasyonu, degradasyonu ve hücre içi taşınımı, gen susturma (RNAi, epigenetik) mekanizmaları ile gen ekspresyonunun düzenlenmesi ve analiz yöntemlerine (RT-qPCR, RNA-Seq vb.) yönelik temel bilgiler; bu süreçlerin bahçe bitkileri ıslahındaki uygulama ve önemine yönelik bilgiler.

Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği

Hafta Konular (Teorik) Öğretim Yöntem ve Teknikleri Ön Hazırlık
1 Omiks bilimlerine giriş: Genomik, proteomik ve metabolomik kavramları Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
2 Bitki genomu yapısı ve genetik bilginin organizasyonu Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
3 Gen ekspresyonu: Transkripsiyon, RNA işlenmesi ve regülasyonu Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
4 Genom analizinde kullanılan teknikler: DNA izolasyonu ve dizi analizi yöntemleri Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
5 Genomik verilerin biyoinformatik analizi ve veri tabanları Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
6 Proteomik kavramı, proteinlerin yapısı ve işlevi Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
7 Protein analizi ve ifade profili çıkarımı Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
8 Metabolomik kavramı ve bitkisel metabolit çeşitliliği Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
9 Metabolomik analiz teknikleri: GC-MS, LC-MS ve NMR Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
10 Omiks verilerinin yorumlanması ve veri entegrasyonu Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
11 Gen–protein–metabolit etkileşimlerinin sistem biyolojisi bakış açısıyla analizi Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
12 Omiks yaklaşımlarının bitki ıslahı ve biyoteknolojide kullanımı Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
13 Bitkisel ürünlerde omiks verilerinin değerlendirilmesi: Örnek çalışmalar üzerinden analiz Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur
14 Genel değerlendirme Ders kapsamında anlatım, soru-cevap, tartışma, problem çözme, bireysel ve grup sunumları gibi öğretim yöntem ve teknikleri kullanılacaktır. Yoktur.

Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar

Nelson, D. L., & Cox, M. M. (2010). Lehninger Biyokimyanın İlkeleri (5. baskıdan çeviri). Palme Yayıncılık. Campbell, N. A., Reece, J. B., Urry, L. A., Cain, M. L., Wasserman, S. A., Minorsky, P. V., & Jackson, R. B. (2011). Campbell Biyoloji (9. baskıdan çeviri). Palme Yayıncılık.

Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları

Değerlendirme

Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri Adet Değer
Ara Sınav 1 60
Ev Ödevi 1 40
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri Adet Değer
Final Sınavı 1 100
Toplam 100
Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri 40
Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri 60

Staj Durumu

Yoktur.

İş Yükü Hesaplaması

Etkinlikler Sayısı Süresi (saat) Toplam İş Yükü (saat)
Ara Sınav 1 5 5
Final Sınavı 1 5 5
Derse Katılım 14 3 42
Tartışma 1 1 1
Beyin Fırtınası 1 1 1
Makale Kritik Etme 4 5 20
Bireysel Çalışma 1 10 10
Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma 2 10 20
Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma 1 10 10
Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma 1 10 10
Toplam İş Yükü (saat) 124

Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi

PÇ 1 PÇ 2 PÇ 3 PÇ 4 PÇ 5 PÇ 6 PÇ 7 PÇ 8 PÇ 9 PÇ 10 PÇ 11
ÖÇ 1 5 3
ÖÇ 2 5 3
ÖÇ 3 5
ÖÇ 4 4 4
ÖÇ 5 5
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek