GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BKYL543 | BİTKİ PATOJENİ BAKTERİLERİN TANISINDA FİLOGENETİK ÇALIŞMALAR | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu ders kapsamında öğrencilere, bakterilerin moleküler çalışmalara dayalı filogenetik yöntemler kullanarak DNA nükleotid dizlerine dayalı tür tanısının nasıl yapıldığı hakkında bilgi verilmektedir. DNA’ya dayalı tanı çalışmalarında kullanılan spesifik gen bölgelerinin PCR analizi ile çoğaltılması, nükleotid dizilerinin elde edilmesi ve farklı veri tabanlarında tür bilgisi sorgulaması yapabilmesi ve türlerin çeşitliliği hakkında bilgi sahibi our.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Murat ÖZTÜRK
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Bakteriyel genetik hakkında bilgi sahibi olur, disiplinler arası bilgileri edinir, bu bilgileri analiz ve sentez ederek, bilimsel, toplumsal ve etik sorumluluk bilinci ile kullanır. |
| 2 | DNA ve içerdiği bilgiyi kullanır, tarım alanındaki problemleri çağdaş teknikler kullanarak tanıyabilme, verileri analiz edebilme, yorumlayabilme ve kanıta dayalı çözüm yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi kazanır. |
| 3 | Farklı veri tabanlarında tür bilgisi sorgulaması yapabilmesi becerisi kazanır, ilgili sorunlarının çözümü için sahip olduğu bilgileri kullanarak, doğal kaynakların korunması ve sürdürülebilirliği ön planda tutar |
| 4 | Moleküler yöntemleri mücadelede kullanımını kavrar ve yenilikçilik gerektiren konularda çağın sorunları ve çözüm önerileri hakkında bilgi ve fikir sahibi olur. |
| 5 | Moleküler yöntemlerin sunduğu üstün özellikleri ve içerdiği bilgileri, alanındaki yenilikler ışığında değerlendirerek, kendi çalışmasını disiplinler arası projelerde yazılı, sözlü ve görsel yollarla etkili bir şekilde aktarabilir. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yoktur
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yoktur
Dersin İçeriği
Bu ders öğrencilere bakterilerin moleküler çalışmalarına dayanan filogenetik yöntemler kullanılarak DNA nükleotid dizilerine dayalı tür teşhisinin nasıl yapıldığı hakkında bilgi sağlar. DNA bazlı teşhis çalışmalarında kullanılan spesifik gen bölgeleri PCR analizi ile çoğaltılarak nükleotid dizileri elde edilerek farklı veri tabanlarında tür bilgilerinin sorgulanabilmesi ve tür çeşitliliği hakkında bilgi sahibi olunması sağlanır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Mikrobiyal Genetik | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 2 | DNA Dizileme Teknolojileri | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 3 | Genom Veri Bankaları | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 4 | Genom Veri Bankaları | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 5 | NGS (Next Generation Sequencing), yeni nesil dizileme | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 6 | NGS (Next Generation Sequencing), yeni nesil dizileme | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 7 | Antagonistlerin etki mekanizmaları: Çapraz koruma | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 8 | Bitki Patolojisinde Biyoinformatik Analizleri | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 9 | Epidemiyolojik tahminlerde CRISPR-Cas9 Teknolojisi ve Fitopatolojide Kullanımı | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 10 | Epidemiyolojik tahminlerde CRISPR-Cas9 Teknolojisi ve Fitopatolojide Kullanımı | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 11 | NGS (Next Generation Sequencing), yeni nesil dizileme İçin Örnek Hazırlama, Nükleik Asit İzolasyon Yöntemleri ile Kalite ve Miktar Ölçümleri | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 12 | NGS (Next Generation Sequencing), yeni nesil dizileme İçin Örnek Hazırlama, Nükleik Asit İzolasyon Yöntemleri ile Kalite ve Miktar Ölçümleri | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 13 | Tüm Genomun Elde Edilmesine Yönelik Çalışmalar ve Primer Tasarımı | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
| 14 | Ders değerlendirme | sunum ve tartışma tekniği | yoktur |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Slayt sunumları Plasmid MLST Databases. [http://pubmlst.org/plasmid/] MLST 1.5 (MultiLocus Sequence Typing). [http://cge.cbs.dtu.dk/services/MLST/] SRST on SourceForge. [http://srst.sourceforge.net PHAST (PHAge Search Tool). [http://phast.wishartlab.com/] PATRIC Blast Search. [http://www.patricbrc.org/portal/portal/patric/Blast] NCBI BLAST Server. [http://blast.ncbi.nlm.nih.gov]
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 70 |
| Quiz | 1 | 30 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yoktur
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Quiz | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 5 | 4 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 7 | 6 | 42 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 1 | 4 | 4 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 114 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | PÇ 16 | |
| ÖÇ 1 | 5 | |||||||||||||||
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | ||||||||||||||
| ÖÇ 3 | 5 | 5 | ||||||||||||||
| ÖÇ 4 | 5 | |||||||||||||||
| ÖÇ 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek