GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| MNYL561 | KENEVİR ÇALIŞMALARINDA BİYOİNFORMATİK UYGULAMALAR | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu ders “İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji Anabilim Dalı Tezli Yüksek Lisans Programı” öğrencilerine Biyoinformatik alanının ana kavramları hakkında bilgi verir ve onlara bu alanda kullanılan çeşitli programların ve açık veribankalarının önemini tanıtır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Ali AYDIN
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Biyoinformatik ve ilişkili bilim alanlarında edindiği ileri düzey bilgileri yazılı, sözlü ve görsel olarak etkin bir biçimde ifade eder. |
| 2 | Biyoinformatik ve ilişkili alanlarda kullanılan modern yöntemleri ve cihazları bilir ve gerektiğinde kullanır. |
| 3 | Biyoinformatik alanında edindiği ileri düzey bilgileri ve yöntemleri, bilimsel çalışmalar sırasında karşılaşılan sorunları çözme amacı ile kullanır. |
| 4 | Biyoinformatik alanında bilimsel bir çalışmanın planlanmasındaki temel ilkelerini baz alarak, hipotezini/amacını/hedeflerini belirleyerek bilimsel bir çalışmayı planlar, hazırlar ve tamamlar. |
| 5 | Bilimsel araştırma laboratuarlarında çalışma ilkelerini benimser ve etkin bir biçimde uygular. |
| 6 | Biyoinformatik alanında ulusal ve uluslararası güncel çalışmaları takip eder ve tartışır. |
| 7 | Biyoinformatik alanında edindiği ileri kavramları, hücre biyolojisi ve moleküler biyoloji araştırmalarında kullanılan ileri yöntemler kapsamında açıklar ve yerleştirir. |
| 8 | Biyoinformatik alanında edindiği ileri teorik ve pratik düzeydeki bilgileri, diğer disiplinlerden gelen bilgilerle bütünleştirir ve disiplinlerarası çalışma alanı oluşturur. |
| 9 | Disiplinlerarası bilimsel araştırmalarda ekip çalışmasının temel disiplinlerini etkin bir biçimde uygular ve sorumluluklarını yerine getirir. |
| 10 | Yaşam boyu öğrenme gerekliliğinin bilinci ile bilimsel ve teknolojik gelişimleri takip eder ve uygular. |
| 11 | Biyoinformatik alanında toplumsal, kültürel ve etik değerleri bilir ve bu sorumlulukları yerine getirir. |
| 12 | Biyoinformatik alanında eleştirel ve yapıcı düşünme ve uygulama becerisi kazanır. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu “İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji Anabilim Dalı Tezli Yüksek Lisans Programı” öğrencilerine Biyoinformatik alanının ana kavramları hakkında bilgi verir ve onlara bu alanda kullanılan çeşitli programların ve açık veribankalarının önemini tanıtır. Dersler yüz yüze eğitimle verilecek olup kaynak olarak dersi veren öğretim üyesinin ders notları, önereceği güncel kaynaklar kullanılacaktır. Öğrenciler İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji bakımından veri bankalarını kullanabilirler. Öğrenciler bilginin toplanması ve işlenmesi konusunu anlamış olurlar. İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji öğrencileri Tıp, Biyomühendislik, Biyoloji, Kimya, Farmakoloji ve Genetik alanlarında Genomik, Proteomik, Transkriptomik, keminformatik, İlaç Keşfi, Ürün Geliştirme, Veterinerlik, Adli Tıp, Biyosavunma, Atık Temizleme, İklim Değişikliği Çalışmaları, Biyoenerji/Biyoyakıtlar konularında çeşitli veribankaları ve yazılımlar kullanarak yararlı bilgileri alma ve kullanma yeteneği kazanırlar.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatik nedir? İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji bakımından Biyoinformatik | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 2 | Veritabanları ‘National Center for Biotechnology Information (NCBI)’ kullanımı | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 3 | PubMed’in tanıtımı; PubMed’i etkili bir şekilde nasıl kullanabiliriz? | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 4 | OMIM (Online Mendelian Inheritenve in Man) kullanımı | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 5 | Gene, UniGene, RefSeq ve UniProt (NCBI Reference Sequence Database) kullanımı | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 6 | SNP (dbSNP), Genotip ve Fenotip veribankası (dbGAP) kullanımı | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 7 | BLAST nükleotid ve protein programının kullanımı | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 8 | İleri malzemeler ve Nanoteknoloji araştırmaları için LINUX | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 9 | İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji araştırmaları için R | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 10 | İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji bakımından veri analizleri | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 11 | İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji bakımından transkriptomiks | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 12 | İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji bakımından proteomiks | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 13 | İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji bakımından lipidomiks | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 14 | İleri Malzemeler ve Nanoteknoloji bakımından metabolomiks | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. Hajiya Mairo Inuwa, Ifeoma Maureen Ezeonu, Abubakar Gidado, Abdulrazak B. Ibrahim, Benjamin Ewa Ubi, Charles Oluwaseun Adetunji, Emmanuel Olufemi Ekundayo. 2022. Medical Biotechnology, Biopharmaceutics, Forensic Science and Bioinformatics. 2. Devarajan Thangadurai, Jeyabalan Sangeetha. 2014. Biotechnology and Bioinformatics: Advances and Applications for Bioenergy, Bioremediation and Biopharmaceutical Research. 3. Advances in Bioinformatics. Vijai Singh (editor), Ajay Kumar (editor), Springer, 2024
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 10 |
| Bütünleme Sınavı | 1 | 10 |
| Laboratuvar | 10 | 10 |
| Rapor Hazırlama | 1 | 10 |
| Proje Hazırlama | 10 | 10 |
| Seminer | 10 | 30 |
| Makale Kritik Etme | 10 | 10 |
| Ev Ödevi | 9 | 10 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Bütünleme Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Laboratuvar | 10 | 4 | 40 |
| Proje Hazırlama | 10 | 2 | 20 |
| Seminer | 10 | 2 | 20 |
| Makale Kritik Etme | 10 | 2 | 20 |
| Rapor | 1 | 1 | 1 |
| Ev Ödevi | 9 | 2 | 18 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 125 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| ÖÇ 2 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 |
| ÖÇ 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 |
| ÖÇ 4 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| ÖÇ 6 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 |
| ÖÇ 7 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
| ÖÇ 8 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 |
| ÖÇ 9 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 |
| ÖÇ 10 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 |
| ÖÇ 11 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 |
| ÖÇ 12 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 2 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek