GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| KYL556 | HESAPLAMALI KİMYAYA GİRİŞ | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Hesaplamalı kimyanın temel kavramları hakkında temel bilgi kazandırmak, kimyanın çeşitli alanlarındaki güncel araştırmalarda sıkça kullanılan hesaplamalı kimya yöntemlerini tanıtmak ve bu yöntemlerin çeşitli amaçlar için nasıl kullanılabileceğini öğretmektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Hatice ARI
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler modelleme yazılımları aracılığıyla kimyasal yapıların iki ve üç boyutlu modellerini oluşturur. |
| 2 | Moleküler sistemlerin geometri optimizasyonu, titreşim frekansı, elektronik yapı ve spektroskopik özellik hesaplamalarını gerçekleştirir. |
| 3 | Moleküler titreşim modlarının potansiyel enerji dağılımını analiz eder. |
| 4 | Elektronik yapı ve topolojik analizlerden elde edilen moleküler özellikleri değerlendirir. |
| 5 | Moleküllere ait ADMET özelliklerini ve olası biyolojik aktivite tahminlerini yorumlar. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Hesaplamalı kimyanın temel kavramları; ChemDraw, Chem3D, HyperChem ve Avogadro ile moleküler modelleme; GaussView ve Gaussian ile kuantum kimyasal hesaplamalar; VEDA ile PED analizi; Multiwfn ile elektronik yapı ve topolojik analizler; SwissADME ve ADMETlab 3.0 ile ADMET özelliklerinin, PASS Online ile olası biyolojik aktivitelerin tahmini ve sonuçların yorumlanması.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Kimyasal çalışmalarda hesaplamalı yöntemlerin kullanım alanları | Düz anlatım, beyin fırtınası | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 2 | ChemDraw ile molekül çizimi, kimyasal yapıların düzenlenmesi ve temel moleküler analizler | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 3 | Chem3D ile üç boyutlu moleküler modelleme ve temel hesaplamalar | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 4 | HyperChem ile moleküler modelleme, geometri optimizasyonu ve temel hesaplamalar | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 5 | Avogadro ile üç boyutlu molekül oluşturma, konformer araştırması ve geometri optimizasyonu | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 6 | GaussView ile molekül oluşturma ve Gaussian hesaplama girdilerinin hazırlanması | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 7 | Gaussian ile geometri optimizasyonu ve titreşim frekansı hesaplamaları | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 8 | Gaussian ile elektronik yapı ve spektroskopik özellik hesaplamaları; sonuçların incelenmesi | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 9 | VEDA ile titreşim modlarının potansiyel enerji dağılımı (PED) analizi | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 10 | Multiwfn ile elektronik yapı analizleri ve hesaplama sonuçlarının görselleştirilmesi | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 11 | Multiwfn ile topolojik analizler ve moleküler özelliklerin yorumlanması | Düz anlatım, gösterim, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 12 | SwissADME ile fizikokimyasal özelliklerin, farmakokinetik davranışların ve ilaç benzerliğinin değerlendirilmesi | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma, soru-cevap | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 13 | ADMETlab 3.0 ile absorpsiyon, dağılım, metabolizma, atılım ve toksisite özelliklerinin tahmin edilmesi | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma, soru-cevap | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 14 | PASS Online ile olası biyolojik aktivitelerin tahmin edilmesi ve Pa–Pi değerlerinin yorumlanması | Düz anlatım, soru-cevap | Önerilen ders materyallerinden okuma |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. David C Young, "Computational Chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real-World Problems", John Wiley & Sons, 2001. 2. F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, John Wiley & Sons, England, 1999. 3. James B. Foresman, AEleen Frisch, "Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods", Gaussian Inc, Wallingford, 2015.
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 60 |
| Ev Ödevi | 1 | 40 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Quiz | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 2 | 28 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 4 | 4 | 16 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 5 | 5 | 25 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 4 | 4 | 16 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 130 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | PÇ 16 | PÇ 17 | PÇ 18 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 4 | 5 | 4 | 5 | 5 | 3 | 5 | 3 | 5 | 5 | 5 | 3 | 4 | ||||
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | 5 | 4 | 5 | 5 | 4 | 5 | 3 | 5 | 5 | 5 | 3 | 4 | ||||
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 5 | 4 | 5 | 5 | 5 | 5 | 3 | 5 | 5 | 5 | 3 | 5 | ||||
| ÖÇ 4 | 5 | 4 | 5 | 4 | 5 | 5 | 4 | 4 | 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 | ||||
| ÖÇ 5 | 5 | 4 | 5 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 3 | 5 | 5 | 5 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek