GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| KYL522 | MODELLEME VE SİMULASYON | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Teorik kimya ve deneysel kimya arasında ilişki kuran yeni bilgisayar programları ve yazılımlar geliştirmek ve uygulamarı yapmaktır
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Hatice ARI
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Ders sayesinde, öğrenciler programlama diliyle, özellikle C#, temel istatistiksel termodinamiğin ana konularını geliştirir. |
| 2 | Hesaplamalı bilimin özel konuları, temel moleküler dinamik ve Monte Carlo metodunun çalışma bilgilerini kullanır. |
| 3 | Moleküllerin yapı tayini, elektronik ve spektroskopik özelliklerini hesaplar. |
| 4 | Moleküler modelleme yapar. |
| 5 | Yeni moleküller tasarlar. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler Modellemede Faydalı Konular, Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş, İleri AB Initio Metotları, Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği, Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik, Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu, Hesaplamalı Simülasyon Metotlar, Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar, Monte Carlo Simülasyon Metotları, Konformasyon Analizi, Protein Yapı Tahmini, Ardışık Analiz ve Protein Bulma, Protein Yapı Tahmini, Ardışık Analiz ve Protein Bulma, Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması, Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı, Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Moleküler Modellemede Faydalı Konular | Düz anlatım, beyin fırtınası | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 2 | Hesaplamalı Kuantum Mekaniğine Giriş | Düz anlatım, beyin fırtınası | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 3 | İleri AB Initio Metotları, Yoğunluk Fonksiyonel Teorisi ve Katı Hal Kuantum Mekaniği | Düz anlatım, beyin fırtınası | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 4 | Kuvvet Alan Modelleri: Moleküler Mekanik | Düz anlatım, beyin fırtınası | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 5 | Enerji Yüzeyini Geliştirme için İlgili Metotlar ve Enerji Minimizasyonu | Düz anlatım, beyin fırtınası | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 6 | Hesaplamalı Simülasyon Metotlar | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 7 | Moleküler Dinamik Simülasyon Metotlar | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 8 | Monte Carlo Simülasyon Metotları | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 9 | Konformasyon Analizi | Düz anlatım, beyin fırtınası, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 10 | Protein Yapı Tahmini, Ardışık Analiz ve Protein Bulma | Düz anlatım, beyin fırtınası, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 11 | Moleküler Modellemede Dört Destek: Serbest Enerjiler, Çözünme, Reaksiyonlar ve Katı Hal Bozunması | Düz anlatım, beyin fırtınası, örnek üzerinde uygulama | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 12 | Yeni Moleküllerin Tasarımı ve Keşfine Moleküler Modellemenin ve Kimya bilgilerinin Kullanımı | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma, soru-cevap | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 13 | Genel Olarak Moleküler Modelleme Yazılımlarının İncelenmesi | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma, soru-cevap | Önerilen ders materyallerinden okuma |
| 14 | Genel tekrar | Düz anlatım, beyin fırtınası, tartışma | Önerilen ders materyallerinden okuma |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
1. Thomas Westermann, Modellbildung und Simulation: Mit einer Einführung in ANSYS, Springer,1994. 2. Bernard P. Zeigler, Alexandre Muzy and Ernesto Kofman, Theory of Modeling and Simulation, Elsevier, 3rd Edition, 2018.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 60 |
| Quiz | 1 | 40 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Quiz | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Uygulama/Pratik | 5 | 2 | 10 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 2 | 28 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 5 | 5 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 4 | 4 | 16 |
| Okuma | 14 | 1 | 14 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 1 | 5 | 5 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 124 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | PÇ 16 | PÇ 17 | PÇ 18 | |
| ÖÇ 1 | 5 | 4 | 5 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | ||||||
| ÖÇ 2 | 5 | 4 | 5 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | ||||||
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 5 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | ||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 4 | 5 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 | ||||||
| ÖÇ 5 | 5 | 4 | 5 | 3 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek