GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BYL532 | İLERİ BİYOİNFORMATİK | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 2 | 5,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyoinformatik bilimler ve ilişkili veri tabanları kullanarak moleküler biyoloji verilerinin analizlerini yapmak.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Doç. Dr. Ali Aydın
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler biyoinformatik kavramları tanımlar |
| 2 | Online veri tabanlarını kullanır |
| 3 | Nükleik asit, protein sekans analizlerini uygular |
| 4 | Biyomoleküllerin yapı ve fonksiyon ilişkilerini açıklar |
| 5 | Moleküler evrimi anlar |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
-Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
--Yok
Dersin İçeriği
Biyoinformatik tanıtım ve giriş; genom organizasyonu ve evrimi; biyomoleküller ve proteinler; genom ve protein enformasyon kaynakları; biyolojik veritabanları; veri tabanlarından bilgi elde edilmesi ve online netvörklerde bilgisayar program kullanımı (FASTA, BLAST, ClustalW, PAUP, vb.); çeşitli uygulamalar.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatik tanıtım ve giriş, biyomoleküller | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 2 | Genler ve gen yapısı; genom organizasyonu ve evrimi | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 3 | Biyolojik Veritabanları | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 4 | DNA dizi veritabanları | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 5 | Protein dizi veritabanları | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 6 | Dizilerin toplanması, veritabanlarına sunulması, dizi formatları | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 7 | Önemli biyoinformatik merkezlerinin incelenmesi: NCBI, EBI.. | Ara sınav | Yok |
| 8 | Entrez bilgi tarama ve bilgi alma | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 9 | Dizi karşılaştırma yöntemleri | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 10 | Çoklu dizi karşılaştırmaları | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 11 | Moleküler filogenetik | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 12 | Uygulamalar: PCR primer dizaynı | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 13 | Uygulamalar: restriksiyon enzim analizleri | Anlatım (sunum) yöntemi, Tartışma yöntemi, Örnek olay yöntemi (vaka çözümü), Problem çözme yöntemi, Beyin fırtınası yöntemi, Uygulama | Kaynak tarama, Soru hazırlama, Vaka bulma |
| 14 | Uygulamalar: protein yapılarının belirlenmesi | Final | Yok |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Bioinformatics: Algorithms, Coding, Data Science and Biostatistics, Rob Botwright, Independently Published, 2024 Advances in Bioinformatics, Vijai Singh (editor), Ajay Kumar (editor), Springer, 2024 Computational Approaches in Bioengineering, Volume 1: Computational Approaches in Biotechnology and Bioinformatics, Pranav Deepak Pathak, Roshani Raut, Sebastián Jaramillo-Isaza, Pradnya Borkar, Rutvij H. Jhaveri, CRC Press, 2024
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Quiz | 3 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
--Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Quiz | 3 | 2 | 6 |
| Gösterme | 14 | 3 | 42 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 14 | 3 | 42 |
| Okuma | 14 | 2 | 28 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 10 | 1 | 10 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 130 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | PÇ 16 | |
| ÖÇ 1 | 4 | 3 | 5 | 5 | ||||||||||||
| ÖÇ 2 | 4 | 3 | 5 | |||||||||||||
| ÖÇ 3 | 5 | 4 | 3 | |||||||||||||
| ÖÇ 4 | 5 | 4 | 3 | |||||||||||||
| ÖÇ 5 | 5 | 4 | 2 | 5 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek