GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| KIMS4812 | BİLGİSAYAR DESTEKLİ İLAÇ TASARIMI | Seçmeli Ders Grubu | 4 | 8 | 4,00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Bu dersin amacı, ilaç keşfi sürecinde kullanılan bilgisayar destekli yöntemleri tanıtmak ve moleküler modelleme, yapı-temelli tasarım ve ligand-temelli yaklaşımları öğretmektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Hatice ARI
Öğrenme Çıktıları
| 1 | İlaç keşfi sürecindeki temel adımları açıklar. |
| 2 | Ligand ve yapı temelli tasarım yaklaşımlarını karşılaştırır. |
| 3 | Moleküler kenetlenme ve farmakofor modelleme uygular. |
| 4 | QSAR ve sanal tarama yöntemlerini değerlendirir. |
| 5 | İlaç tasarımında kullanılan yazılımları analiz eder. |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
İlaç keşfi süreci, hedef belirleme, ligand ve yapı temelli ilaç tasarımı, moleküler kenetlenme (docking), farmakofor modelleme, QSAR (nicel yapı-aktivite ilişkisi), sanal tarama, moleküler dinamik simülasyonları, yazılım uygulamaları.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | İlaç tasarımına giriş | Anlatım, tanım ve tarihsel örnek sunumu | İlaç tasarımının tarihçesi ve temel kavramları okunmalıdır. |
| 2 | Hedef belirleme ve validasyonu | Vaka analizi, grafik inceleme | Hedef proteinlerin belirlenme yöntemleri araştırılmalıdır. |
| 3 | Ligand-temelli tasarımın ilkeleri | Kavramsal sunum, benzetim çalışması | Ligand-temelli tasarım teknikleri üzerine temel makale okunmalıdır. |
| 4 | Yapı-temelli tasarımın ilkeleri | Slayt sunumu, karşılaştırmalı tablo hazırlığı | Yapı-temelli ve ligand-temelli yaklaşımlar karşılaştırılmalıdır. |
| 5 | Moleküler kenetlenme yöntemleri | Yazılım tanıtımı, örnek docking uygulaması | Moleküler docking mantığı ve örnek uygulama izlenmelidir. |
| 6 | Farmakofor modelleme | Modelleme uygulaması, yapı çizimi | Farmakofor oluşturma süreci adımları okunmalı ve örnek yapı incelenmelidir. |
| 7 | QSAR analizine giriş | Grup çalışması, QSAR örnek çözümü | Temel QSAR parametreleri araştırılmalıdır. |
| 8 | Sanal tarama stratejileri | Literatür analizi, algoritma tanıtımı | Sanal tarama sürecine dair algoritmalar çalışılmalıdır. |
| 9 | Moleküler dinamik simülasyonlarına giriş | Uygulamalı anlatım, simülasyon örneği | Moleküler dinamik hakkında kısa kaynaklar okunmalıdır. |
| 10 | ADMET tahminleri | Tartışma, ADMET yazılım tanıtımı | ADMET parametreleri ve tahmin araçları araştırılmalıdır. |
| 11 | Bilgisayar yazılımlarının tanıtımı (ör. Autodock) | Bilgisayar laboratuvarı, program kullanımı | Autodock veya benzeri programların kullanım kılavuzları incelenmelidir. |
| 12 | Yazılım uygulaması ve sonuç analizi | Veri analizi, sonuç karşılaştırması | Daha önce yapılan sanal tarama sonuçları yorumlanmalıdır. |
| 13 | Öğrenci proje sunumları | Öğrenci sunumları, geri bildirim | Proje dosyaları hazırlanmalı ve ilk sunum yapılmalıdır. |
| 14 | Genel değerlendirme | Genel değerlendirme | Sunumlar tamamlanmalı ve ders genel olarak gözden geçirilmelidir. |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
Leach, A. R. (2001). Molecular Modelling: Principles and Applications. Gasteiger, J., & Engel, T. (2003). Chemoinformatics: A Textbook. Güncel dergi makaleleri ve yazılım rehberleri.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Yok
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 50 |
| Quiz | 1 | 50 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Quiz | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 14 | 2 | 28 |
| Bireysel Çalışma | 14 | 3 | 42 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 3 | 3 | 9 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 4 | 4 | 16 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 2 | 2 | 4 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 102 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | |
| ÖÇ 1 | 3 | 2 | 3 | 5 | |||||||||||
| ÖÇ 2 | 3 | 2 | 3 | 5 | |||||||||||
| ÖÇ 3 | 3 | 3 | 2 | 3 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 4 | 3 | 2 | 3 | 5 | |||||||||||
| ÖÇ 5 | 3 | 3 | 2 | 3 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek