GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BİY532 | BİYOİNFORMATİK II | Seçmeli Ders Grubu | 1 | 1 | 6,00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
Dersin Amacı
Biyoinformatik dersi pratik olarak yapılacak olup bir araç olarak bilgisayarı kullanarak teorik ve pratik yöntemlerle moleküler biyolojinin derinlemesine anlaşılmasına ağırlık verilecektir. Dersi alan Master/Doktora örgencilerine kapsamlı ileri yöntemleri ve teknikleri tanıtmak, öğrencilere bu alanla ilgili son bilgileri sunmak ve biyoinformatik alanı içerisinde en güncel konuları tartışmaktır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi/Görevlileri
İlgili Öğretim Üyesi
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Biyolojik veritabanlarının temellerini anlama ve moleküler biyoloji, genetik ve proteomics kapsamında kullanılabilme |
| 2 | İki veya daha fazla dizi için karşılaştırma araçlarının tanımlanabilmesi ve benzerlik/uyumsuzluk durumunun tartışılabilmesi |
| 3 | Protein-RNA ve DNA arasındaki bilgi akışını anlayabilme ve büyük ölçekli biyolojik verilerin çeşitli biyoinformatik temelli araçlar kullanarak (GeneBank, BLAST, UniProtKB) analiz edebilme |
| 4 | Evrimsel analizleri yapabilmek, verilen diziler için filogenetik ağaç oluşturabilme ve türler arasındaki uzaklığı tartışabilme |
| 5 | Haritalama yapabilir, kromozomda genin bulunduğu alanı ve komşu genleri tespit edebilirler |
| 6 | Biyoinformatik araçları kullanarak genomik ve proteomik yaklaşımın tartışılabilmesi |
| 7 | Biyoinformatik ve Omic’in gelişim sürecini değerlendirebilmek |
Öğretim Sistemi
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
-
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
-
Dersin İçeriği
Modern biyolojinin biyoinformatige gereksinimi vardır. Biyoinformatik disiplinler arası bir alan olup biyolojik sistemlerle ve biyolojik verilerin (örneğin DNA, protein dizilimi, makromoleküler yapılar ve fonksiyonel genomik dataları vb) matematik, istatistik ve bilgisayar bilimlerini kullanarak teorik ve pratik analizinin yapabilmesi temeline dayanmaktadır. Dersin ana başlıkları içerisinde; moleküler genetik, biyolojik data bankaları, data bankalarının taranması, DNA ve protein dizilim eşleştirilmesi, filogenetik ağaçlandırma, moleküler yapısal öngörüm, mikroerrey data analizi ve proteomic analizleri içermektedir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Konular (Teorik) | Öğretim Yöntem ve Teknikleri | Ön Hazırlık |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyolojik veri bankalarına genel bakış ve genom projelerinin son durumlarının gözden geçirilmesi. | ||
| 2 | Bilgisayar ortamı, biyolojik data yapısı programlamaya genel bakış, | ||
| 3 | Laboratuar ortamında pratik çalışma; DNA izolasyonu, PCR çoğaltması, gel elektroforezi ve bilgisayar işlemleri | ||
| 4 | DNA sekans eşleştirilmesi ve araştırılması | ||
| 5 | İnternet ortamında (NCBI, EBI vb sunucuları kullanarak) BLAST, PAUP, BioEdit programları aracılığıyla DNA databankası araştırılması. | ||
| 6 | İnternet ortamından indilimiş DNA yada protein dizilerini kullanarak ClustalW2 ile filogenetik ağaç oluşturulması | ||
| 7 | DNA sekans araştırma konulu projelerin hazırlanması sınıf ortamında sunulması | ||
| 8 | Protein yapılarına detaylı bakış ve terminolojisinin gözden geçirilmesi ve annotasyonları. | ||
| 9 | Protein motif analizleri, ortolog gruplar, protein sınıflandırılması, yapısal tahmin, distans matriks analizi, dinamik programlama vb. Laboratuvar çalışması; protein data bankası araştırması, yapısal tahinler, görüntüleme araçları; örnek RasMol, Chime, PSORT, PFAM, and WOLF vb. | ||
| 10 | Grup çalışması; proteinlerin ikincil yapılarının tahmini ve raporların sunulması ve presentasyon | ||
| 11 | Mikroarray teknolojisine detaylı bakış, gen ontolojisi, gruplama metotları, data analizi (örnek K-means, nearest neighbors, and singular value). | ||
| 12 | Gen ontolojisini kullanarak mikroarray data bankalarının araştırılması TreeView, Gene Cluster gibi programların kullanılması | ||
| 13 | Grup çalışması; mikroarray datalarının indirilmesi ve analizi | ||
| 14 | Grup çalışması; mikroarray datalarının indirilmesi ve analizi | ||
| 15 | Final Sınavı |
Ders Kitabı / Malzemesi / Önerilen Kaynaklar
www resources at the NCBI; EMBL, EGGE, ExPASY BRENDA, UniProt etc. 2) Leving, B. Genes IX, 9th ad., Oxford University Press, Oxford, UK, 2008. 3) Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., and Peter Walter, P. Molecular Biology of the Cell, 4th ed. 2002. Garland Science, New York, USA, 2002.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | Adet | Değer |
|---|---|---|
| Quiz | 3 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | Adet | Değer |
| Final Sınavı | 1 | 100 |
| Toplam | 100 | |
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
-
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Quiz | 3 | 2 | 6 |
| Gösterme | 14 | 3 | 42 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 14 | 2 | 28 |
| Okuma | 14 | 3 | 42 |
| Quiz için Bireysel Çalışma | 10 | 2 | 20 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 140 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 | PÇ 15 | PÇ 16 | |
| ÖÇ 1 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 2 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 3 | 3 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 5 | |||||||||
| ÖÇ 4 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 5 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 6 | 4 | 5 | 4 | 4 | 4 | 5 | ||||||||||
| ÖÇ 7 | 3 | 4 | 4 | 4 | 4 | 4 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek